Nach Caro Keller von NSU-Watch wurden Hinweise auf ein rechtes Motiv von den Ermittlungsbehörden nicht mit derselben Konsequenz verfolgt wie Spuren in andere Richtungen (vgl. Gedenkveranstaltung im Jahr 2004, 23.4.2024, ab ca. 00:10:40). Der Bericht der Linksfraktion über den Untersuchungsausschuss kam zu dem Ergebnis, dass es „zu keinem Zeitpunkt strukturierte Ermittlungen in der rechten Szene des Landes“ gab und lediglich zwei konkreten Hinweisen auf rassistisch motivierte Täter routinemäßig nachgegangen wurde (Zwischenbericht NSU-UA MV, S. 177–200 sowie Bericht der Linksfraktion, S. 8 und S. 25).
Die am Tatort aufgefundenen Munitionsteile wurden mit der bei anderen Taten verwendeten Munition verglichen und so stand am 11. März 2004 fest, dass die Tatwaffe dieselbe Česká-Pistole war, die bereits bei vier Morden an Migranten in Nürnberg, Hamburg und München in den Jahren 2000 und 2001 verwendet worden war (vgl. Zwischenbericht des NSU-UA MV, S. 108). Die früh geäußerte Bitte der Staatsanwaltschaft Rostock, die Ermittlungen zu den Taten der Česká-Serie zu bündeln und zentral durch die Staatsanwaltschaft Nürnberg führen zu lassen, wurde abgelehnt; so verblieb die Verantwortung zur Aufklärung des Mordes an Mehmet Turgut in Rostock (vgl. Bericht des Innenministeriums 2017, S. 9). Bei einer ersten grundlegenden Besprechung am 16. März 2004 in Rostock von Vertreter*innen der Staatsanwaltschaft Rostock, der Kriminalpolizeiinspektion Rostock, des Bundeskriminalamtes (BKA) und der Kriminaldirektion Nürnberg kristallisierte sich dann „sehr deutlich als Ermittlungsrichtung die Organisierte Kriminalität heraus.“ (Zwischenbericht des NSU-UA MV, S. 142).
Die Ermittlungen folgten damit dem üblichen Muster aus anderen NSU-Fällen; sie bewegten sich im Bereich von Schutzgelderpressung, Geldwäsche sowie Drogenschmuggel und -handel, auch „Blutrache“ oder ein „Ehrenmord“ wurden als Tatmotiv in Erwägung gezogen. Da Turgut bis etwa zehn Tage vor der Tat in Hamburg lebte, suchte die Polizei vergeblich nach Verbindungen zu Süleyman Taşköprü, der dort drei Jahre zuvor mit derselben Waffe erschossen worden war (vgl. FAZ, 15.11.2011).
Im Juni 2006 übergab die Mordkommission in Rostock die Ermittlungen an die dafür eingerichtete Sonderkommission (SoKo) Kormoran im Landeskriminalamt Mecklenburg-Vorpommern. Sie sollte die Ermittlungen in enger Zusammenarbeit mit den Dienststellen der anderen Tatorte und der Besonderen Aufbauorganisation Bosporus beim BKA fortsetzen. Die Ermittlungsrichtung blieb dabei gleich; eine ausschließlich auf ein rechtes Motiv ausgerichtete Ermittlungsspur bestand nicht, und auch das Ausbleiben einer „Botschaft“ (Bekennerschreiben) spielte weiter eine Rolle. Der Schwerpunkt lag nun auf der Erhebung und Aufbereitung sogenannter Massendaten, ohne dass dadurch wesentliche Erkenntnisse gewonnen wurden (vgl. Bericht des Innenministeriums 2017, S. 13–18).
Die Ermittlungsbehörden richteten ihren Fokus nun zunehmend auf Mehmet Turgut selbst, seine Familie und deren persönliches Umfeld. Mehrfach reisten Ermittelnde in die Türkei, um Angehörige, Nachbarschaft sowie Bekannte des Ermordeten und der Familie Turgut zu befragen. Dabei wurden immer wieder Vermutungen geäußert, der Mord wäre aus dem persönlichen Umfeld des Opfers begangen worden oder habe etwas mit kriminellen bzw. Drogen-Geschäften zu tun. Die Familie selbst wurde nach Aussage Mustafa Turguts nicht befragt, stattdessen schürten die Befragungen im Dorf Misstrauen gegenüber der Familie. Schließlich sahen sich die Turguts gezwungen, wegzuziehen. Auch Haydar A. berichtete, er sei von den Ermittelnden nicht wie ein Geschädigter, sondern wie ein Verdächtiger behandelt worden (vgl. John: Unsere Wunden, S.76; Portrait bei Kein Vergessen MV; DIE ZEIT, 23.10.2013 sowie Zwischenbericht des NSU-UA MV, S. 169–177).
Antonia von der Behrens sagte zu dieser Ermittlungsstrategie: „Es gab die Kritik aus der Nebenklage nie, zu sagen, es hätte nicht in Richtung des Umfeldes oder der Familien ermittelt werden dürfen. Das ist bei Mordermittlungen selbstverständlich. […] Das ist überhaupt nicht die Kritik, dass das passiert ist. Die Kritik ist, dass es ausschließlich passiert ist; dass jeder noch so kleinen absurden Spur in Richtung OK, Rauschgift, Geldwäsche etc. nachgegangen wurde oder auch nicht so absurden Spuren, es gab eine ganze Bandbreite davon. Aber alle Hinweise, die in andere Richtungen gedeutet haben, denen ist systematisch – muss man sagen – nicht nachgegangen worden.“ (zitiert nach: Zwischenbericht des NSU-UA MV, S. 137).